PCRE_CASELESS,?PCRE_MULTILINE,?PCRE_DOTALL,?PCRE_UNGREEDY,PCRE_EXTRA,?PCRE_EXTENDED?and PCRE_DUPNAMES 等模式修飾符設置可以在模式內部通過一個 perl 選項字符序列來設置， 語法為:(?修飾符)，可用的修飾符有：

Internal option lettersifor?PCRE_CASELESSmfor?PCRE_MULTILINEsfor?PCRE_DOTALLxfor?PCRE_EXTENDEDUfor?PCRE_UNGREEDYXfor?PCRE_EXTRAJfor?PCRE_INFO_JCHANGED

比如，(?im) 設置表明多行大小寫不敏感匹配。同樣可以用它來取消這些設置， 比如 (?im-sx) 設置了PCRE_CASELESS，PCRE_MULTILINE， 但是同時取消了?PCRE_DOTALL?和?PCRE_EXTENDED。 如果一個字母即出現在 - 之前, 也出現在 - 之后，這個選項被取消設置。

當一個選項在模式的最上級(也就是說不在子組中)時， 這個改變會影響模式中剩余部分。比如?/ab(?i)c/?僅僅匹配 ”abc” 和 ”abC”。 這個形式在 PCRE 4.0(PHP 4.3.3) 中被改變。在此之前的版本中， /ab(?i)c/ 行為和 /abc/i 完全一致。

如果一個選項在子組中設置，產生的影響是不同的。這是 perl 5.005 中行為的一個變種。 一個選項在子組內部設置，僅僅改變子組中剩余的部分， 因此?(a(?i)b)c?僅僅匹配 ”abc” 和 ”aBc” (假設沒有使用?PCRE_CASELESS?選項)。 這就意味著選項在模式的不同位置可以造成不同的影響。 在同一個子模式中， 一個分支的選項設置回穿透到后面剩余的其他分支中去。 比如?(a(?i)b|c)?匹配”ab”， “aB”， “c” 和 ”C”。 盡管在匹配 ”C” 時第一個分支會在選項被設定前就被丟棄。 這是因為選項的設定是在編譯期確定的，否則可能會帶來非常怪異的行為。

PCRE 專用選項?PCRE_UNGREEDY?和?PCRE_EXTRA?可以和 perl 兼容選項以同樣的方式來改變， 分別使用字母 U 和 X. (?X) 標記設定有些特殊，它必須出現在任何其他特性之前， 最好放在最開頭的位置。