目前微軟已經承認，當用戶擁有Vista Enterprise/Ultimate和Linux雙系統，且Linux的引導被安裝至MBR的情況，在升級Vista至SP1版時會遇到麻煩。

據悉微軟的SP1補丁包KB935509具有新版的bootloader，在升級SP1時，原系統中的bootloader可能已經被開源版的 bootloader程序所取代，例如Grub。目前微軟已經解釋了該問題出現的原因，Vista SP1補丁包中包含了BitLocker功能的更新，更換開機引導程序bootloader的目的是為了讓系統能在引導時加載驅動器加密和 BitLocker技術。

目前更新SP1時“信任鏈”平臺的完整啟動順序如下，首先從機器上的TPM芯片讀取信息，然后通過MBR和操作系統進行引導。而雙啟動的情況下，Vista中的Bootloader如果被替代，系統完整性檢查會失敗，該SP1安裝也會失敗，同時系統也將無法正常開機。

微軟技術顧問Michael Kleef解釋說:“BitLocker不僅關系到加密和系統驗證，也關系到數據的完整性。BitLocker按照順序進行檢查，如果它發現了一些不匹配的東西，它將拒絕訪問。安裝Lilo或是其他引導程序將破壞原有的引導信任體系，因為這些Bootloader會替代微軟的Bootloader，這也意味著加密分區將無法引導。'

對于用戶來說，如果Linux和Vista分區安裝到同一個驅動器，用戶必須恢復Vista的Bootloader然后才能進行SP1升級。如果操作系統不是在同一塊硬盤，那么問題就小的多，用戶只需要在BIOS中改變硬盤開機順序即可。

另外，Vista SP1安裝失敗并不取決于你是否打開BitLocker特性，只要操作系統安裝了BitLocker你就避免不了這種情況。默認情況下，也只有Vista Enterprise和Ultimate兩個版本自動安裝了BitLocker特性，所以，目前僅有這兩種操作系統的用戶會受到影響。