房地產開發企業經營增值收益部分涉及的稅種主要是土地增值稅和企業所得稅。為了加強管理，國家稅務總局分別制定了《土地增值稅清算管理規程》（國稅發〔2009〕91號）和《房地產開發經營業務企業所得稅處理辦法》（國稅發〔2009〕31號）。

　　房地產開發企業的土地增值稅與企業所得稅雖然都是按所得額（增值額）計算征稅，也都要匯算或清算，但是在匯（清）算時間上，卻存在著明顯的差異。

　　企業所得稅是以一個會計年度為周期進行匯算清繳，時間是固定的。不論房地產開發項目是否完工，都要按期預繳，年終匯算清繳，多退少補。

　　土地增值稅卻是以房地產開發項目為單位進行清算，對于分期開發的項目，以分期項目為單位清算，開發項目中，同時包含普通住宅和非普通住宅的，應分別計算增值額。清算期間具有不確定性，可以長于一個會計年度，也可以短于一個會計年度。清算之前按期預繳，達到清算時限條件時，則必須按規定進行清算，多退少補。

　　土地增值稅清算的條件分為兩類：一是納稅人應該進行清算的條件：（一）房地產開發項目全部竣工、完成銷售的；（二）整體轉讓未竣工決算房地產開發項目的；（三）直接轉讓土地使用權的。二是主管稅務機關可以要求納稅人進行清算的條件：（一）已竣工驗收的房地產開發項目，已轉讓的房地產建筑面積占整個項目可售建筑面積的比例在85%以上，或該比例雖未超過85%，但剩余的可售建筑面積已經出租或自用的；（二）取得銷售（預售）許可證滿三年仍未銷售完畢的；（三）納稅人申請注銷稅務登記但未辦理土地增值稅清算手續的；（四）省（自治區、直轄市、計劃單列市）稅務機關規定的其他情況。